进行了大胆改革，把学制从原来的5年缩短为3年，只保留驾驶专业。专门培养海军指挥军官。

1906年派遣海军学生24人赴日本留学，又选派了2人到美国留学。

随着烟台水师学堂的发展，萨镇冰渐渐成为中国海军的第一号人物，总理南北洋海军。在他的建议下，清政府决定扩大烟台海校的办学规模。1907年，烟台海校的新校在金沟寨村以南建成，正式命名为烟台海军学堂。

新校三面环