的组织和教义开始发生了变化，宗派林立，有些教徒夜聚明散，聚众滋事。

到了至大元年，蒙元朝廷忌惮白莲教势力过大，下令禁止，后来曾短暂恢复过白莲教的合法地位，直到元英宗时，朝廷彻底禁绝白莲教，白莲教再次转入地下，开始对官府抱敌对态度，加上元末社会矛盾激化，一些白莲教徒开始率先反元，比如红巾军的韩山童、刘福通等人。

为什么叫红巾军呢？有人说是因为起义军头戴红巾，这只是表象。