但是等江山稳固，朱元璋的思想发生了转变，总体战略由主动进攻变为防御，直线式的统领部队的军事建制就不能适应防御守备的需要了，于是能够满足国家防御需要的军队建制：“卫、所”制度便应运而生。

这种主要以防御为目地的卫、所防御体系的形成，连同内地每个行政郡必须建立一个守御卫的规定，至建文三年兵部的统计，大明共建立守御卫三百二十九个，守御千户所六十五个，正规军总兵力达到两百余万。又建立军民指挥使司