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他在弘光元年，因为建奴抵扬州，他奉命赴援，分守北门，城破，他率部四百人与鞑子死战，格杀数百人，最后寡不敌众，巷战中全军覆灭。

乾隆年间重修史书，嘉奖明末殉难武将，因刘肇基忠于明朝，特赐谥号为忠烈。

此时，朱由检听到犯了错误的是刘肇基，一时也有些犯难。

按道理，刘肇基不听军命，的确是该罚，可他也明白，阵前换将乃是大忌