考功，原本南京吏部的京察制度是六年一考，北京吏部无权干涉。

朱慈烺将京察改为三年一次，并实行考成法和末尾淘汰制，考核工作实效，提高官员办事效率。

刑部尚书由原军法部顾威担任，负责南京诸司、公侯伯府、天武军等各军的刑名。

兵部改称军机部，除了原本的孙应元、黄得功、周遇吉、杨御蕃四人，朱慈烺又将曹变蛟、高邦、李少游三人加了进去，形成制衡