刘裕得知司马遵返还京中，为安定人心，声称受天子密诏，以其承制总百官，加侍中、大将军。司马遵总摄朝政,移居东宫，迁转百官，称制书；执政期间，政令严明，朝廷内外都奉令行事，毕恭毕敬。

等刘毅占领江陵迎回天子，武陵王得到消息立即搬出东宫，等天子归京后归还权柄，毫不恋栈,京中上下皆称其贤，声望尤在琅琊王之上。

从杨范得来的消息，司马遵忠于皇室，不好酒色、