最终进化型烈焰马却变成了没有进化的绿毛虫，而那个理工男却是完全无法接受这个结果，竟然直接启动了强制关机的按钮，然后跑出了神奇宝贝中心。

夜天随后才从乔伊小姐那里知道这个理工男就是神奇宝贝传送系统的开发者——秋叶原博士，神奇宝贝中心的神奇宝贝球传送系统现在已经完全停止运作了，但是如果不快点让秋叶原博士回来解决的话，那些之前传送走的神奇宝贝就危险了，而且这种事情最近一直发生。