抗大分校等五个部门。

司令部下辖参谋处、作战处、通讯处、管理处、机要处、情报处。

政治部下辖组织部、宣传部、保卫部、敌工部、统战部、人武部。

后勤部下辖工厂管理处，军需处、粮食处。

冀鲁豫纵队机关设置同样设置若干处室，人员名单很快被敲定，原冀鲁豫军区人员大多数在冀鲁豫纵队，原鲁西军区人员大多在军区机关。