荷兰人对他们的各种手段比福建海商要残酷多了，于是麻豆社决定反抗，他们联合了另外两个平埔族的部落，并从福建海商处购买来大量武器，发动了“麻豆社事件”。

三个部落的联军直接打进了荷兰人的赤坎城，将荷兰人的住屋毁坏殆尽，杀死大量牲口和殖民者，直接打死热兰遮城四成的荷兰守军。

后来荷兰人对于麻豆社的报复绵延了六年，直到派了五百多名荷兰士兵上岛，分批冲入麻豆社的村