回到真新镇后，待了将近一个星期，小智好好陪伴了妈妈以及大木研究所后院的一众神奇宝贝后，终于准备动身前往神奥地区旅行了。

这一次的旅行，除了那一串大师球内的神奇宝贝，他只带了皮卡丘、伊布以及长尾怪手三只精灵。

那只野生的基拉祈，暂时借给了大木博士他们搞研究去了，研究的对象不是基拉祈本身，而是它庇护的法恩斯保护区。

同时这次研究