在小遥收服了妙蛙种子之后，小智在下一座城市拜托大木博士将自己的妙蛙种子传送过来，传授小遥的妙蛙种子战斗技巧，顺便给她的妙蛙种子普及某些常识。

没办法小遥的妙蛙种子是纯野生神奇宝贝，出生之后见过的第一个人类就是小遥，大城市更是只在山头上遥遥眺望过，并没有来过对于人类社会的一切都充满好奇心。

为了不让这小家伙走丢，小智也只好请自己的天涯孤客来救场了，