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从研究所拿回三只超古代神奇宝贝的精灵球后，小智就告别了自己妈妈还有大木博士，和小霞他们朝着石英高原前进。

一路上，他们遇到了一个被火箭队骗走徽章的倒霉蛋，帮这个倒霉蛋抢回徽章后，火箭队三人组一朝回到解放前，辛苦干了两个月的工作得来的丰厚工资，造了一架机器人，被小智指挥沙奈朵拆了个干净。

这天，就在小智等人即将抵达石英高原选手村的时候，小