孙传庭对此极力反对，认为“秦军不可留也。留则贼势张，无益于边，是代贼撤兵也。”孙传庭虽然可能有私心，但这也是事实。如果秦军留在京畿，那整个大明的北方就有没有力量阻止农民军的再次壮大，后来的事实也证明了这一点！

杨嗣昌对孙传庭的意见置之不理，孙传庭对此不胜忧郁重重，以致耳聋。也算得上是殚精竭虑、鞠躬尽瘁了。

好不容易等到清军出关回到了辽东，毛钰从天津撤军后朝廷调孙传庭总督