随后毛钰在归德城内将海军的五个舰队和几个基地做了重新规划和编组并且立即下达各单位遵照执行。

海军衙门设立司令部，驻点舟山。负责整个海军衙门的各种指令发布。毛钰自然就是总司令！司令部直属内卫团一个。

司令部下设作训处、参谋部、情报局、后勤处、装备部。

其中作训部在济州岛、舟山岛、台湾岛分别有骑兵、步兵和海军训练场，负责海军衙门所有的的战兵训练计划的制定和执行。张