解决好造船和武器供应的问题，毛钰开始着手处理舰队和卫所的事情。毛文龙的亲兵加上孔有德、耿仲明等人带过来的人，新加入的辽东兵有1200人，毛钰让毛文龙先挑选200人，其中50人将安排在杭州毛府，50人安排在金塘岛毛府，另外100人安排在杭州城外的庄园用来加强防备同时处理收租等杂事。

当毛文龙和孔有德、耿仲明等人看到尚可喜、达代应等人率领几个方阵在校场走过的时候都被震撼了。尤其是桀骜