汉武帝时，设西域都护府，统领大宛以东诸国，并监察乌孙、康居等游牧国家。

此后的两百多年间，西域三通三绝，都护府也就时设时取缔，到了东汉安帝延光二年，以班勇为西域长史，平定西域，此后便以西域长史府取代西域都护府。

从二者的名字就可以看出，都护府侧重于军事，大多是武将担任都护，意在武力占领，实际控制。

而长史府则侧重于政事，实际控制其实只有楼兰的海头城和高昌二地，