藤新一，再一次游乐园和我的青梅竹马小兰一起游玩时目击了黑衣男子的可疑交易，专注偷看交易的我却忽略了背后偷袭的敌人。我被那个人灌下毒药，当我醒来时，却发现身体变小了。如果让那群家伙知道工藤新一还活着，那么我和我身边的人都会有危险，于是我便化名为江户川柯南，并寄宿在了小兰的父亲，毛利小五郎侦探的家里。知道我身体变小的人有我的好朋友阿笠博士，关西的高中生侦探服部平次。还有我的同学明雅薰，灰原哀。他们两个