药部，掌管整个永夜阁的药材，定期配发补给杀手部。

赤阴部，药人，无痛、无意识、无感情，完全丧失了人该有的心智，只能遵照指令，自杀式执行任务。

兽部，驯化各种野兽，一部分供杀手部培训杀手所用，另一部分用来执行任务，兽部的驯兽师在永夜阁地位有逐渐上升的趋势。

此外，还有掌管户籍的册部，锻造兵器的器部……

存在于世数百年之久的永夜阁，内部有完备的规章制度，