明太祖初定金陵之时，即改应天府学为国子学。建都南京后，重建校舍于鸡鸣山下，改学为监，故称国子监。

位于鸡鸣山下的南京国子监，作为大明最高学府，尽管随着永乐十八年，大明迁都北京，改北京国子监为京师国子监，南京国子监盛况远不及过往，在正德以后，日渐衰退。

不过随着乾圣初年，国都重迁南京后，南京国子监也随之兴盛，到乾圣十年，监生达万人之多。不过与旧时国子监讲主要授经义