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明朝时期，新疆的天山以北地区就被漠西的卫拉特蒙古吞并。

卫拉特蒙古在元朝时被称为斡亦剌惕，在明朝时被称作瓦剌。

明末清初时期，瓦剌部分为四大部：准噶尔部、和硕特部、杜尔伯特部、土尔扈特部。

准噶尔部在葛尔丹大汗的带领下日渐强大，不但吞并了新疆的天山以南地区，还对外蒙古发起了进攻。