前后三个月的时间，朱由校下旨诛杀卫所乱兵数以万计，让全天下看见了自己推行卫所军改的决心。

卫所几十万大军化为云烟，但是残存的卫所兵依旧很多。

陕西十二个卫，有八个指挥使造反，十一个设于要冲之地的守御千户所，全部造反。

这些造反的军头们，无一例外全部销声匿迹，或死于乱军，或如孙立一样被斩首示众。

余下四个在乱时没有造反的卫指挥使，也都是