直隶三十四卫、十二个千户所。河北二十三卫、八个千户所。山西九卫、九个千户所、三个仪卫司、三个群牧所。山西行都司十三卫、三个千户所。

另外都司一奴儿干都司下辖三百八十四个卫所，实际皆为少数民族的土官卫，同样在云南、四川、贵州和甘肃也有为数众多的土官卫所，但并不属于明代的正规卫军。

这样的配置，有利于各都督府之间相互牵制。每个都督府都有京畿卫所，也有外辖卫所，不至于有人大权独揽。就