不能救。吉统军中议论不定，志贺亲善以为当退，吉弘统幸以为当援，吉统于是擅自逃亡。丰臣秀吉下《大友勘当状》，痛责吉统，予以撤藩处分，领地收公，吉统发辉元看管。文禄二年五月，吉统被送至本国寺囚禁，剃发为僧，号宗岩，此后又号中庵。第二年九月被押送水户，交佐竹家的义宣监管。

曾经称雄北九州的大友家业算是完了。秀吉死后，因石田三成说情，庆长四年吉统获得赦免。庆长五年九月，关原战事起，吉统属石田三成