节设计比较经典也很简单。故事大致就是海上自卫队所属的成员有动贵文在一次执行未确认飞行物体调查中与突然出现的蓝色发光体发生碰撞，身体被异生兽始祖TheOne选作了宿主，化身为了地球上首个现身穷凶极恶的异生兽。

3个月后，航空自卫队所属的真木舜一进行上空神秘飞行物搜索调查过程中跟红色发光体相撞。真木坠机后奇迹般生还，但随后也因此受到了相关机构的监视。

有动贵文的女友水原沙罗意图利用