军都督府各领五方军马，各省也建立了军事部门。省下设立都指挥使司，司下设卫指挥使司、千户所、百户所。每卫5600人，分前、后、左、右、中5个千户所。千户所又分为10个百户所，每百户所满编112人。

各卫所平时屯守，战时奉命攻守。每逢战时，朝廷临时命将，并非都司指挥作战。因此平日里都指挥使由一省最高长官巡抚兼任。

陕西省的巡抚衙门设立在陕西府，但汉中府的汉中卫却是陕西都指挥使司麾下