郑芝龙既是怀揣着主意来的，那么对南京方面原本的出师计划没有太大影响。

六月底，弘光朝廷任史可法为督师，会集左梦庚、袁时中、刘良佐、刘肇基、张天禄诸军共五万四千兵马渡江北伐，留刘孔炤、史德威等率领南京江防部队继续守护南京，另分方国安一支军队转进浙江。郑芝龙则重新鼓帆启程，部将施福、梁立、黄廷、成升、洪习山等分批次陆续率船队沿江入海。

南京有钱谦益坐镇，与江西总督袁继咸均对