张任学罢官、左良玉夺印之外，七月底朝中批下的文书丝毫没有提及熊文灿的罪责，一度让熊文灿看到了一丝自保的曙光。然好景不长，八月初，崇祯帝命礼部尚书、东阁大学士杨嗣昌兼领兵部尚书督师，代熊文灿统筹诸省剿寇事宜。

熊文灿剿寇无功，反纵张献忠、罗汝才等巨寇休整乃至复叛，受朝野群劾自不待提，刑部主事雷演祚亦直接弹劾熊文灿的推荐人杨嗣昌，称“熊文灿主抚误国，调度庇护，总是嗣昌”，力主收杨嗣昌