之后高迎祥计议分兵，李自成带八队等再次进入陕西，而高迎祥则与张献忠等东去。

中原剿寇不利，朝廷忧心如焚，为了协调各地兵事，先在早些时候擢郧阳巡抚卢象升总理江北、河南、山东、湖广、四川数省军务，兼湖广巡抚。三边总督洪承畴办西北，卢象升办东南。不久，又应卢象升要求解除了他的巡抚职务，进兵部侍郎，加督山西、陕西军务，赐尚方剑，便宜行事，围剿流寇。除此之外，以贼势披猖，调辽东副总兵祖宽为援剿总兵