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福尔摩沙总督府与其他行政区总督府使用同样架构。

总督府上属单位是地球联邦中央议会。总督朗奴．圣地亚哥作为行政区内最高负责人，兼任行政区议会议长及司法部长。下设财政、民政等诸部。因为现代已无国家政T，行政区间的交流由联邦中央代行联络，故总督府不设外务部或外交部。

通过行政区议会通过的行政命令，总督府向下属的财政、民政等诸部传达指示并监视其运作。行政区议会成员一百席中