末的皇帝、日本的天皇，都是法定最高统帅，称“大元帅”。

暨南军政府首脑为大元帅，大元帅之下为总参议。

总参议负责贯彻执行大元帅的决策指示，主持军政府日常事务。第一任总参议，由杨烜五叔杨国琛担任。杨国琛四十有余，曾追随杨遇春征战多年，才堪大任。

总参议之下，又设若干名参议，辅助总参议管理政务。参议皆从黑旗军中选拔，譬如步兵四团团长石达开具有相当的民政才能，得以兼任军政府