国后采纳谋士刘基建议，立“军卫法”，在全国建立卫所，控扼要害。中央设大都督府。

洪武十三年改为“五军都督府”，即中、左、右、前、后军五处“都督府”，为朝廷最高军事机关，掌管全国卫所军籍。而征讨、镇戍、训练等则听命于兵部。遇有战事，兵部奉皇帝旨意调军，任命领兵官，发给印信，率领从卫所调发的军队出征。战争结束，领兵官缴印于朝廷，官军则各回卫所驻屯。

这种“统军权”与“调军权”分离，