由他指挥”这个说法本身并不确切，因为实际上现在的五军都督府相较于正统年间以前，权力权威早已经衰落得不成样子，实际上朱应桢对于挂在他这个前军都督府左都督名下的卫所，也只有统兵权，并没有调兵权。

实际上，五军都督府目前还能做的只有三件事：管理军籍，管理屯田，以及推选将领，甚至连作为武官最重要的领兵出战的权力都已经基本丧失殆尽了。

但实际上，连这三项权利，也被六部侵占了很多。