在这个世界的几百年前，一直在深海的阴影下苟延残喘的人类……已经不能用古人类来称呼的人类，在舰娘的协助下，建造了几艘这样的超大号战舰，作为移动的镇守府，向着差不多统治地球的黑色深海地带进军着。

这些移动的镇守府也被称为最初的方舟，没有人知道这些搭载最后人类精锐的方舟未来到底会如何，但她们都知道如果继续困守在珍珠港废墟，迟早有一天会被深海榨干最后一滴血液。

有些方舟在深海的