六科作为一个独立机构，负责“传达纶音，稽考庶政”。

它不仅把皇帝批过的臣工题本从内阁领出，誊抄清楚，发给有关部门执行，而且还有封驳权，即使皇帝批准的奏章，六科认为有不妥的地方，仍可封还执奏，若内阁票签批本错误，原奏章的失当之处，就应当接受它的驳正。

它还稽察六部，察核奉旨事件完结情况。

这本是好事，但也只是设立之初，任何一个特设单位，历时一久，就会出现官员利用