明史案起于庄廷珑，经一个罢官的原归安知县吴之荣为一己私利告发后，由刑部立案追究，掀起大狱。

当时庄廷珑已死，开棺戮尸，其弟庄廷钺受牵连被诛。原礼部侍郎李令哲曾为该书作序，本人伏法还株连了四个儿子。凡校书、刻书、卖书以及书中牵连人名者一律丧命。

《明史》案光冤死者就有七十余人，死者妻子大都发配边疆。

当时京城也是人人自危，大臣上朝时每份上奏都言辞谨慎的不能再谨慎