随着第一次忍界大战的结束，众人回归木叶，表面上一切都结束了，事实上，一场更大的风波却在酝酿。

第一次忍界大战是有人背后挑起的，神秘的“枭”再次现身，千手扉间甚至死在他手上了一次，拦截猪鹿蝶的黑底红云组织，失踪的千手族长被别人控制，甚至能够使用木遁。

一个接一个的谜团如阴云一般笼罩在千手柱间心头，但他没有向任何人透漏过一丝。

回到木叶后，对这次大战中所有的人开始