刘峰登基后将国号定为中华帝国，国都就定在北京，从1865年开始就是中华元年。随后他摒弃了高墙深锁的故宫，选择了圆明园为新的皇宫，故宫封闭，并派人把守。

帝国成立后新的各项机构产生，政府最高机构为总理衙门，由梁伦枢出任第一任总理，洪仁玕为副总理，并由他们自己组建内阁成员，负责协助皇帝处理政事。军事最高机构为国防部，由石达开出任第一任部长，下辖总参谋部、总后勤部等部门，第一任总参谋