居到了西南的朱虚县，筑城邑而守，把朱虚县作为了治所，此番管亥带万数黄巾从东莱郡杀来，肆虐北海诸县，孔融便移兵向东，带五千兵马驻守到了都昌，不想与管亥一战而败，不得不退守都昌城中，为管亥所围。

管亥围困都昌后，一边攻打城池逼迫孔融，一边分兵劫掠诸县，孔融无力阻止。不得不说，孔融在北海国的文治和教化做的很好，但完全不通兵法，无力制约诸贼，屡战屡败，所用名士也是与之舞文弄墨而不论政事，好空谈高