日本古代大伴氏后裔的一支，在兼贞任大隅国肝付郡弁济使时，将居城迁到肝付郡高山的弓张城，从此便以地名为姓，改称肝付氏。

在战国之前，肝付家势力强盛，兵多将广，威震九州岛，现在那强横嚣张的岛津家，也得臣服于肝付家之下。

随着时间推移，形移势变，到了日本战国中期，岛津氏开始崛起，则肝付氏却在一连串的内乱中，开始走向衰落。只不过，这时两家尚是联盟，且还有姻亲关系，故还维持着表面的和好。