院以及武道学院两大院，魔法学院中设有魔法师、召唤师、驯兽师、意念师等数个学部，武道学院中则设有骑士、剑道等数个学部。因此圣约翰帝国学院也根据两院以及各种的学部设立相应的管理职业。

魔法学院与武道学院两院各自设有一名院长，职务不分高低，共同管理圣约翰帝国学院。院长之下，两个学院又各自设有一名副院长，协助学院管理学院。

两大学院中的每个学部，都设有一名学部部长，管理自身所属的学部。