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汗王伊斯玛业勒自尽，领着联军攻破了叶尔羌汗国的阿帕克和卓，终于如愿以偿，当上了叶尔羌汗国的汗王。

阿帕克和卓成为噶尔丹的傀儡汗王，而噶尔丹又已经向大明称臣纳贡，这样叶尔羌汗国就成为藩国的藩国。在阿帕克和卓统治南疆的十多年内，他对突厥人的控制比蒙古人和汉人还要狠辣，在他统治期间，不计其数的突厥人被杀。不过在几十年之后，准噶尔汗国完全并入了大明，成为蒙古行省，而叶尔羌汗国的继承