压福建、江西、广东的“山寇”和“海盗”。

由参将升为总兵，且与熊文灿之间交好。

他的接受招安，既为明王朝效力，表面上使东南沿海地区相对稳定。

但郑芝龙主要意图却是借用朝廷命官身分，扫除海上异己势力，垄断福建、广东等地的对外贸易。

荷兰殖民者在万历年间就一度占据澎湖，被明军士卒赶走。

天启年间再次占领此地，在主岛上建立堡垒，作为侵华基地，派遣船只骚扰