吴港是日本海军的几个重要基地之一，是因明治时代第二海军区镇守府设置而发展起来的军港。吴市的崛起，与日本帝国海军有密切关系。在日本江户时代，这一带称为「吴浦」，是一个不知名的渔村。1886年（明治19年）的海军镇守府「吴镇守府」的成立，改变了吴市的城市发展命运。1903年（明治36年）的海军兵工厂成立。

和横须贺军港一样，日本海军的绝大部分战舰，都是在横须贺军港和吴港建造的。比如，