起，悄悄潜入建宁，加入到了王祁的义军之中。

清顺治五年（1648年），闽浙总督陈锦率领六万清军强攻建宁，王祁率领反清义军和城内百姓顽强抵抗，然而由于久久等不到援军，建宁在被六万清军围困100多天后，终于被攻陷了。

建宁陷落后，义军首领王祁在巷战中自杀，恽寿平的大哥也在此战之中身亡，二哥不知所终，父亲恽日初则因为出城寻找援军，而幸免于难。

恽寿平尽管没有被杀，但却被清军