王在晋当年都被打发到南京了，可由于岳肃回家丁忧，方从哲掌了大权，赶上蓟辽总督孙承宗自请致仕，方从哲便建议让兵部尚书熊廷弼去了辽东，接任孙承宗，把王在晋从南京调了回来，接任熊廷弼的兵部尚书之职。

王在晋是江苏人，但因为受到方从哲的提携，感恩戴德，所以加入了浙党。他职位在那里摆着，所以在方从哲死后，便成为齐楚浙三党的领军人物之一，不过头把交椅还得算是吏部尚书，已经入阁的亓诗教。