天下初定之后，刘秀在长安登基（正史公元二十五年六月，刘秀于鄗城登基）。之后册封百官，由于遵守高祖刘邦时期的约定，非刘氏不得封王，邓禹、冯异等功臣都被封了侯爵将军之位。

分封百官和刘姓诸侯王，刘秀紧接着又大赦天下。随后刘秀做了一件让众人意想不到的事情。他为方士一门平反，称先帝受奸臣妖言惑众。先帝驾崩之前曾有为方士一门平反的遗诏，因为王莽乱政才没有明发出来。现在新君登基，自然要遵守遗