在海上，幕府海军奉行榎本武扬拒绝交出幕府舰队，带领八艘军舰北上虾夷函馆，占据西洋式武装城堡“五棱廓”。接着以“德川脱藩家臣团”的名义，照会英国及法国领事，获得其承认“虾夷共和国”为事实上独立的国家，且承诺“严守中立”。随后，拥幕志士涌入五棱廓，新撰组的土方岁三也在其中，另有部分法籍官兵，共有军队三千余人。1868年12月28日，士官级以上干部投票，选出榎本为虾夷共和国总裁。