文理学院是模仿美国的大学，主要对学生进行通识教育。所以像语文、外语、数学、思想政治、历史等大学必修的基础课程。都由文理学院的老师来开设。

而工学院则是南科大真正的核心所在，首批成立的包括电系工程系、微电子系、通信工程系、计算机科学系、软件工程系、土木工程系和生物工程系这七大学系。南科大初创的这七大学系中，除了土木工程和生物工程之外，其余五个学系都与东方集团的电子产业，有着密不可分的联系。