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黄色在木化石中分布均匀，里、外一致，与原始木质相关，只不过黄色木化石常见。

像是黄色的硅化木，还有另一种，由于Fe2O3的黄色矿物相的浸染作用，使木化石呈显黄色，这种黄色是不均一的，有浅深之分。

还有一种少见的是褐色的硅化木，这是受Fe2O3的褐色矿物相浸染，使木化石呈显褐色。

在木化石中整体呈褐色者少见，大多数呈斑块状、花斑状或一团团的分布