eva剧场版世界，碇真嗣坐在教室中有些恍惚，在这个教室里他并不是靠窗倒数第二个座位，似乎预示着他并非传统意义上的主角。而坐传统主角位置的是绫波丽，那个绑着绷带的洁白少女。

陌生的教室，陌生的同学，陌生的环境，陌生的城市……一切都和陌生，碇真嗣现在也没有回过神来，还没从这几天发生的巨变中恢复。几天前他被父亲叫到了第三新东京市，乘上了巨大的神秘机器人，完成了一场云遮雾罩、迷迷糊糊的战